Environ 13 millions de Français traitent leurs rejets à l'aide d'un dispositif d'assainissement individuel. Ce type d'assainissement se rencontre en situation d'habitat dispersé. Son entretien nécessite une vidange de la fosse toutes eaux tous les 4 ans. Les matières de vidange sont ensuite acheminées vers des stations d'épuration ou épandues sur les terres agricoles, avec les mêmes contraintes de sécurité que celles des Matières Fertilisantes Recyclées.
Les traitements en station d'épuration génèrent plusieurs sortes de sous-produits, parmi lesquels, les Matières Fertilisantes Recyclées.
En moyenne, 15 à 20 kg de matière sèche sont produits par habitant et par an . Il en résulte une production en France de 850 000 tonnes de matière sèche.
Les effluents industriels doivent également être épurés avant d' être rejetés dans le milieu naturel. Seuls les rejets n'altérant pas la qualité des Matières Fertilisantes Recyclées, sont acceptés dans les réseaux d' assainissement collectifs. Les autres sont traités sur place. Les résidus de ce traitement sont éliminés par incinération ou dans des centres d'enfouissement.
Dans certains cas, les industriels (papeteries, certaines industries chimiques, teintureries…) et les sites agro-alimentaires possèdent leur propre station d'épuration. Ce sont d'importants producteurs de Matières Fertilisantes Recyclées.
